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암모니아(NH3)의 미량 농도가 양어장에 공급되는 양어 용수에서 흔히 발견되는데 이는 토양이나 침전물에서 질소성 유기물이 분해되었기 때문이다. 지하수나 지표수에서 나타나는 상당량의 암모니아는 일반적으로 하수처리장이나 농경지 또는 산업체 등으로부터 나오는 배출수로부터 오염되었음을 나타내는 것이다. 그러나 대부분의 못 양어지나 유수식 양어지에서 암모니아의 주된 근원은 어류의 대사산물이다. 비교적 많은 양의 암모니아(그리고 이산화탄소)와 소량의 뇨소(urea), 크레아틴(creatine), 크레아틴닌(creatinine), 뇨산(uric acid), 그리고 질소성 노폐물 등이 계속 배설되고 있다. 예를 들면 차넬메기는 kg 먹이당 하루에 약 20g의 암모니아를 배설한다. 연어과 어류는 전형적으로 건조사료를 먹는데 먹은 사료 kg당 25~35g의 암모니아를 배설한다.
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